Вычислительный комплекс первого в России Центра протеомных исследований

Компания "ДАТА Технологии" в октябре – декабре 2003 года приняла участие в проекте по оснащению компьютерными системами первого создаваемого в России Центра протеомных исследований (ЦПИ), который разворачивается на базе Научно-исследовательского института биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН.

Первый этап проекта, реализованный в сентябре – октябре, стал крупным решением компании в области вычислительных кластеров и включал разработку и реализацию кластерного вычислительного комплекса ЦПИ для обработки больших объемов экспериментальных данных.

Кластер состоит из 16-ти узлов на базе двухпроцессорных подсистем AMD Athlon MP 2600+ (32 процессора) с высокоскоростной межпроцессорной коммуникационной средой Gigabit Ethernet. Узлы построены на материнской плате TYAN Tiger DUAL S-2466MPX. Управляющая машина базируется на процессоре AMD Athlon XP 2600+ со средой Ethernet 10/100. В качестве операционной системы используется Red Hat Linux. Расчетная производительность кластера по тесту LINPACK составляет 43 Gflops.

В декабре 2003 года компания "ДАТА Технологии" реализовала второй этап проекта сотрудничества с Центром протеомных исследований и Научно-исследовательским институтом биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН. Общий вычислительный центр этих организаций был оснащен сервером SGI Origin 350 (8 процессоров R16000 700 Mhz) и дисковой RAID подсистемой SGI TP900 общей емкостью на 600 GB, проведена установка и настройка компьютерного комплекса.

Сервер поставлялся в комплексе со специализированным научным оборудованием для исследований и предназначен для проведения высокопроизводительных вычислений с обработкой экспериментальных данных в области биомедхимии на базе ПО SYBYL/Tripos.

Расчетно-вычислительный кластер ЦПИ вместе с имеющимися системами SGI для вычислений и задач молекулярного моделирования размещены в специальном отдельном помещении, в котором поддерживается заданный климатический режим и осуществляется контроль доступа.

Высокопроизводительные вычисления в компьютерном конструировании лекарств

Необходимость высокопроизводительных вычислений в компьютерном конструировании лекарств диктуется как большими объемами обрабатываемых данных, так и необходимостью выполнения сложных итеративных расчетов. В связи с этим можно выделить два основных направления использования кластеров в этой области: итеративные расчеты (молекулярная динамика, множественное выравнивание аминокислотных последовательностей) и разного рода скрининги баз данных (поиск в геномах генов-мишеней для создания новых лекарств, поиск потенциальных лигандов заданного белка-мишени и т. п.).

Молекулярная динамика используется при решении широкого круга фундаментальных и прикладных задач. Применение кластера позволяет рассчитывать молекулярную динамику сложных молекулярных систем (белок-белковых комплексов и интегральных белков, встроенных в мембрану) в течение длительных (наносекундных) периодов при приемлемых затратах машинного времени (несколько суток вместо недель и месяцев на вычислительной технике традиционной архитектуры).

Поиск новых молекулярных мишеней в геномах наиболее часто применяется при создании новых противомикробных средств. В основе выбора новых мишеней лежит сравнение геномных последовательностей с помощью процедуры парного локального выравнивания. В настоящее время расшифрованы 180 бактериальных геномов и их компонентов, и в ближайшие годы ожидается существенное увеличение их числа. Решение задачи кросс-геномного анализа может быть легко распараллелено. Таким образом, высокопроизводительный 32-процессорный кластер на базе двухпроцессорных узлов в Центре протеомных исследований позволит существенно в несколько раз сократить затраты времени на прохождение вычислительной части пути “от генома до лекарства”.

О КОМПАНИИ

Компания “ДАТА Технологии” нацелена на задачи системной интеграции в области информационных технологий для организаций науки и образования, промышленных предприятий, финансовых структур и других компаний.

В качестве основных решений и систем компания предлагает:

- кластерные и серверные комплексы на базе процессоров AMD и Intel c архитектурой 32/64-бит;

- системы централизации вычислений на базе серверов и терминальных устройств;

- системы и технологии резервного копирования, архивирования и хранения данных, включая NAS, SAN, SAS;

- системное и прикладное ПО.

Компания осуществляет полный набор услуг, включая анализ и экспертизу существующей информационно-вычислительной системы, разработку проекта ее модернизации и развития, поставку, установку и настройку оборудования и ПО, гарантийное и сервисное техническое обслуживание системы в целом и отдельных устройств.

Контактное лицо: Чернин Игорь Юрьевич (менеджер по маркетингу)

Телефоны: 330-7401, 771-0124

Факс: 330-7401

E-mail: chernin@datatec.ru

URL: www.datatec.ru

Опубликовано: 27 января 2004 г.

Ключевые слова: нет

Извините, комментариев пока нет