ДАТА Технологии – первый кластер

Высокопроизводительные расчеты в физико-химической биологии и би- оинженерии.

Наиболее важным проектом молодой компании “ДАТА Технологии”, начавшей свою деятельность в первом квартале 2003 года, стала поставка, настройка и тестирование кластера для Лаборатории спектрального анализа Института биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (ИБХ РАН). Сотрудники компании имеют многолетний опыт взаимодействия с научными организациями, в том числе с ИБХ РАН.

В настоящее время кластер уже используется для решения запланированных задач. Основу кластера составляют 12 двухпроцессорных узлов (nodes). Каждый узел построен на материнской плате TYAN Tiger DUAL S-2466MPX с двухпроцессорной системой Athlon MP 2200+ компании AMD, диском 80 ГБ и 1 ГБ оперативной памяти. В качестве коммутационной среды выбрана Myrinet. Управляющая машина базируется на процессоре AMD Athlon XP 2200+ с коммутационной средой Ethernet 10/100. В качестве операционной системы используется Red Hat Linux. Расчетная пиковая производительность кластера составляет 48 Gflops.

В рамках достаточно ограниченного бюджета компания “ДАТА Технологии” осуществила поставку кластера в двух стойках Rittal, что придает всему комплексу изящный вид, делает работу с кластером и его обслуживание более легким и удобным. Необходимость проведения высокопроизводительных вычислений в физико-химической биологии и биоинженерии.

Расшифровка геномов биологических организмов (от микроорганизмов до млекопитающих и человека) позволяет с помощью методов биоинформатики и молекулярного моделирования получать информацию об эволюционном происхождении видов и функциональном значении генов и белков, а также моделировать работу генов в процессе жизненного цикла, структуры нуклеиновых кислот и белков, более целенаправленно проводить генно-инженерные работы по созданию новых генетических конструкций. Решение указанных фундаментальных задач требует создания новых математических методов анализа символьных последовательностей, разработки эффективных алгоритмов установления пространственной структуры биомолекул, анализа их динамики в среде, хранения информации в банках данных для последующего использования. Объемы информации и размеры моделируемых систем таковы, что без высокопроизводительных вычислений и компьютерных банков данных ее невозможно обрабатывать и использовать.

Область научной деятельности Лаборатории спектрального анализа и задачи кластерного комплекса.

24-Процессорный кластер Института биоорганической химии поможет российским ученым эффективно решать научные задачи в указанной области. На кластерном комплексе установлено, проходит отладку и используется параллельное программное обеспечение для расчетов структуры и функции глобулярных и мембранных белков методами молекулярной динамики, Монте-Карло, моделирования на основании гомологии. Например, среди изучаемых объектов присутствуют фузионные пептиды из вирусов иммунодефицита человека и гриппа А. Кроме того, решаются задачи поиска последовательностей, мотивов и фрагментов пространственных структур биополимеров в базах данных, выравнивания последовательностей, конструирования белков de novo и мутантных форм белков, молекулярного докинга рецептор-лиганд и пр. Предполагаемые результаты исследований дополнят существующие представления о структуре и принципах самоорганизации глобулярных и мембранных белков, о взаимодействиях белок-липиды. Они позволят усовершенствовать существующие алгоритмы теоретического анализа подобных сложных систем, откроют перспективы конструирования пептидов и белков с заданными свойствами и активностью, что важно для создания новых лекарственных препаратов и вакцин.

Компания “ДАТА Технологии” нацелена на задачи системной интеграции в области информационных технологий для организаций науки и образования, промышленных предприятий, финансовых структур и других компаний.

В качестве основных решений и систем компания предлагает:

- вычислительные и кластерные комплексы на базе процессоров AMD и Intel;

- системы централизации вычислений на базе серверов и терминальных устройств;

- системы и технологии резервного копирования, архивирования и хранения данных, включая NAS, SAN, SAS.

Компания предлагает полный набор услуг, включая анализ и экспертизу существующей информационно-вычислительной системы, разработку проекта ее модернизации и развития, поставку, установку и настройку оборудования и ПО, гарантийное и сервисное техническое обслуживание системы в целом и отдельных устройств.

Дополнительная информация может быть получена по e-mail: chernin@ibch.ru, тел. (095) 330-7401, 771-0124

Опубликовано: 14 мая 2003 г.

Ключевые слова: нет

Извините, комментариев пока нет